Мастер-банк принадлежит председателю правления банка Борису Булочнику и членам его семьи. Согласно информации на сайте банка, в его совет директоров входит двоюродный брат президента РФ Владимира Путина Игорь Путин. Осенью 2010 года Игорь Путин был назначен вице-президентом Мастер-банка и введен в совет директоров. Предполагалось, что господин Путин будет заниматься разработкой стратегии банка. Однако в конце того же года он покинул банк, но в марте 2011 года Игорь Путин снова вернулся в совет директоров Мастер-банка.
19 сентября 2007 года сотрудники ГУ МВД России по Центральному федеральному округу провели обыски и выемку документации в московских филиалах трех банков, одним из которых стал Мастер-банк. Был задержан руководитель перовского офиса Мастер-банка Дмитрий Андросюк. Следствие заявляло, что он участвовал в выводе за рубеж более 2,5 млрд руб. Об итогах дела не сообщалось.
28 апреля 2010 года сотрудники Главного следственного управления ГУВД Москвы провели обыск и выемки документов в центральном офисе Мастер-банка. Следственные действия проводились в рамках дела, возбужденного по ст. 172 УК РФ («Незаконная банковская деятельность»). Возбуждено оно было в отношении одного из клиентов банка, занимавшегося незаконным обналичиванием денежных средств. О развитии дела не сообщалось
20 декабря 2010 года в офисе Мастер-банка в Москве прошел обыск с выемкой документов в рамках дела против мошенников, обналичивших более 1 млрд руб. Банк сообщал, что претензий к нему и его сотрудникам у милиционеров не было.
14 марта 2011 года департамент экономической безопасности (ДЭБ) МВД объявил о задержании сотрудницы Мастер-банка Мери Теванян. По версии следствия, она участвовала в обналичке нескольких десятков миллиардов рублей. ДЭБ заявлял, что преступной схемой пользовались руководители ФГУПов, а задействованные в ней фирмы были зарегистрированы на активистов запрещенной Национал-большевистской партии. Мери Теванян была помещена под домашний арест.
16 марта 2012 года сотрудники Главного управления экономической безопасности и противодействия коррупции МВД по делу об обналичивании 25 млрд руб. провели обыски в ряде кредитных организаций, в том числе в Мастер-банке. Сообщалось о задержании организаторов преступления, но их имена не назывались. 19 апреля Главное управление экономической безопасности и противодействия коррупции МВД направило в ЦБ письмо с просьбой о проведении в КБ «Мастер-банк» внеплановой проверки по фактам незаконных действий должностных лиц. Одновременно стало известно о задержании бывшего вице-президента Мастер-банка Евгения Рогачева. В октябре он был арестован, в феврале 2013 года после заключения досудебного соглашения со следствием отпущен под подписку о невыезде.
В июне 2012 года ЦБ РФ привлек Мастер-банк к административной ответственности с наложением штрафа в 50 тыс. рублей за нарушение законодательства о противодействии отмыванию преступных доходов. В январе того же года банк уже привлекался к административной ответственности за подобные нарушения. Тогда штраф также составил 50 тыс. рублей.
В июле 2012 года прошли обыски у руководителей Мастер-банка, в том числе у председателя правления, в рамках расследования уголовного дела, возбужденного в марте того же года. Были задержаны бывшие сотрудники управления по работе с крупным бизнесом Мастер-банка Сергей Кормщиков и Игорь Бабичев. В ноябре Тверской суд Москвы вынес решение о заключении под домашний арест сотрудников Мастер-банка Андрея Орлова и Игоря Бабичева. Им предъявлено обвинение по ч. 2 ст. 172 УК РФ (незаконная банковская деятельность, совершенная организованной группой, сопряженная с извлечением дохода в особо крупном размере).