27 сентября 1990 года Главная военная прокуратура СССР возбудила уголовное дело N159 по факту расстрела в 1940 году около 4 тыс. польских военнопленных под Катынью. В мае 1991 года генпрокурор Николай Трубин озвучил первые выводы, согласно которым поляки могли быть расстреляны на основании решения особого совещания при НКВД СССР.
14 октября 1992 года по поручению президента РФ Бориса Ельцина ксерокопии всех обнаруженных документов были переданы президенту Польши Леху Валенсе. Среди бумаг было постановление о расстреле от 5 марта 1940 года, подписанное наркомом внутренних дел Лаврентием Берией и одобренное партийными лидерами во главе с Иосифом Сталиным.
К июню 1994 года ГВП установила имена более 100 непосредственных участников казней. Руководитель следственной бригады Николай Анисимов сообщил, что организаторы расстрела признаны виновными в "превышении служебных полномочий".
21 сентября 2004 года ГВП прекратила дело "в связи со смертью виновных", ни один из родственников погибших не был признан потерпевшим. 11 марта 2005 года главный военный прокурор Александр Савенков заявил, что "установлена гибель 1803 человек, личности 22 человек идентифицированы". После этого Сейм Польши призвал Россию признать факт геноцида.
В марте 2006 года польские СМИ сообщили, что ГВП отказалась признать расстрелянных жертвами политических репрессий. Родственники погибших обжаловали в российских судах прекращение дела и потребовали реабилитации расстрелянных, но иски были отклонены. 29 января 2009 года законность закрытия дела N159 подтвердил Верховный суд. Причиной решения он указал истечение срока давности и смерть лиц, подлежащих привлечению к ответственности.