Родился 27 апреля 1963 года в Ленинграде. Окончил Ленинградский инженерно-строительный институт (1989). Был близок к неформальному кружку "ленинградских экономистов", куда входили Анатолий Чубайс и Алексей Кудрин. Служил в армии, работал продавцом и автомехаником, затем ушел в бизнес. В 1994 году стал совладельцем Промышленно-строительного банка (Санкт-Петербург). С этого времени лично знаком с Владимиром Путиным. Также был совладельцем корпорации "Илим Палп", где некоторое время трудился Дмитрий Медведев. С 1997 года — президент группы "Северо-Западное продовольственное объединение "Вита"". C 1998 года — президент ЗАО "Банкирский дом "Санкт-Петербург"". В 2005 году вышел из банковского бизнеса, выручив за доли в банках не менее $580 млн.
В 2005 году возглавил ФКП "Северо-Западная дирекция Госстроя РФ — дирекция комплекса защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений", затем — заместитель главы Госстроя. С 2005 года контролировал строительство перевалочного комплекса в порту Усть-Луга через ОАО "Роснефтьбункер" (позднее актив купила Gunvor Геннадия Тимченко). С 2008 года возглавлял департамент капитальных вложений Минрегиона. В декабре 2010 года ООО "Центрострой", которое связывали с господином Коганом, за 7,6 млрд руб. приобрело ОАО "Мосметрострой". Кроме того, через ООО "Петровский Литтл Трейд Хаус" он контролировал компанию "БФА-Девелопмент", возглавляемую его супругой Людмилой.
В августе 2011 года ушел с госслужбы. Считался одним из совладельцев компании "Нефтегазиндустрия", владеющей Афипским НПЗ. В 2012 году эта компания претендовала на 50% минус 1 акция Объединенной зерновой компании, но проиграла тендер группе "Сумма". В настоящее время она претендует на госпакет в 20% акций Новороссийского морского торгового порта.
С июля по декабрь 2012 года Владимир Коган работал заместителем министра регионального развития — главой Федерального агентства по строительству и ЖКХ. После отставки участвовал в создании фонда содействия градостроительным и жилищно-коммунальным реформам "Территория".
В списке богатейших бизнесменов РФ 2013 года, по версии журнала Forbes занимает 111-е место с состоянием $950 млн.