16 декабря 2002 года президент Владимира Путин поручил Генпрокуратуре проверить обстоятельства продажи АО «Апатит» МЕНАТЕПу. 28 апреля 2003 года генпрокурор Владимир Устинов ответил президенту, что в компетенцию его ведомства не входит определение рыночной стоимости акций и размера ущерба. Он переадресовал этот вопрос Минфину и другим ведомствам. Тем не менее в июле 2003 года по обвинению в хищении акций «Апатита» был арестован глава МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев, в октябре — глава ЮКОСа Михаил Ходорковский.
15 июля 2010 года Владимир Путин раскритиковал мэра Волгограда Романа Гребенникова, поручив Генпрокуратуре проверить работу волгоградских властей в строительной сфере. До этого местное отделение «Деловой России» пожаловалось премьеру, что выделение земли в городе полностью коррумпировано муниципальными чиновниками. 11 августа следователи сообщили, что выявили «многочисленные нарушения прав предпринимателей и граждан», пригрозив завести дела на должностных лиц. Вскоре мэр был исключен из «Единой России», а в феврале 2011 года досрочно отправлен в отставку решением губернатора Волгоградской области.
1 июля 2010 года премьер Владимир Путин поручил «поработать с московскими властями» для устранения транспортного коллапса на Ленинградском шоссе, возникшего из-за ремонта путепровода. В тот же день Генпрокуратура начала проверку, по результатам которой выяснила, что мэрия Москвы незаконно присвоила себе путепровод, а о его ремонте не предупредила водителей. Санкций для мэра Юрия Лужкова не последовало, однако в сентябре 2010 года он был уволен президентом Дмитрием Медведевым в связи с утратой доверия.