10 мая 2011 года Следственный комитет (СК) РФ возбудил против Алексея Навального дело по ст. 165 УК РФ (причинение имущественного ущерба без признаков хищения). По версии следствия, будучи советником кировского губернатора Никиты Белых, он «путем обмана и злоупотребления доверием» вынудил ГУП «Кировлес» заключить невыгодный договор на поставку древесины с ООО «Вятская лесная компания». Ущерб был оценен в 1,3 млн руб. В апреле 2012 года дело было закрыто следственным управлением СК по Кировской области за отсутствием состава преступления, однако в мае возобновлено по распоряжению руководства СК. 31 июля 2012 года СК переквалифицировал обвинение Алексею Навальному на ч. 3 ст. 33 и ч. 4. ст. 160 УК («Организация присвоения чужого имущества в особо крупном размере»). По данным следствия, Алексей Навальный организовал хищение более 10 тыс. куб. м лесопродукции «Кировлеса» путем ее продажи Вятской лесной компании по заниженной цене. Ущерб был оценен в 16 млн руб. В августе по делу «Кировлеса» прошли обыски в помещениях ООО «Кобяковская фабрика по лозоплетению», принадлежащего родителям Алексея Навального. 20 марта 2013 года дело о хищении средств «Кировлеса» направлено в Ленинский райсуд Кирова. Его рассмотрение началось 17 апреля.
В декабре 2011 года и мае 2012 года Алексей Навальный дважды подвергался административным арестам на 15 суток за неповиновение сотрудникам полиции. В первый раз — после митинга на Чистопрудном бульваре, во второй — после участия в протестных «гуляньях» оппозиции. 30 октября 2012 года суд оштрафовал его на 30 тыс. руб. за участие 27 октября в несанкционированной акции в поддержку арестованных по «болотному делу» возле здания ФСБ.
8 августа 2012 года прокуратура Вологодской области потребовала через суд признать экстремистскими листовки от имени «Единой России», распространяемые через сайт господина Навального «Добрая машина пропаганды». В декабре 2012 года Вологодский облсуд признал листовку экстремистской.
14 декабря 2012 года СК возбудил против Алексея Навального и его брата Олега дело по подозрению в мошенничестве в особо крупном размере и легализации денежных средств. По версии следствия, ООО «Главное подписное агентство» (ГПА), учрежденное братьями через кипрскую фирму Alortag Management Ltd, совершило в 2008–2011 годах хищение 55 млн руб. у ООО «Ив Роше Восток», с которым заключило договор на пересылку товаров. 20 декабря братьям было предъявлено обвинение. Одновременно началась проверка причастности Алексея Навального к хищению 25,5% акций ОАО «Уржумский спиртоводочный завод» путем их продажи на аукционе по заниженной цене.
27 февраля 2013 года СКР сообщил о возможности возбуждения дела против Алексея Навального по факту незаконного получения им статуса адвоката из-за недостаточного стажа. По версии ведомства, Алексей Навальный предоставил в адвокатскую палату Кировской области неверно заверенную справку о том, что несколько лет работал заместителем главы ООО «Аллект» по правовым вопросам, тогда как сам возглавлял эту компанию. Официальное обвинение не предъявлялось.
18 апреля 2013 года против братьев Навальных возбудили новое дело по факту мошенничества (ст. 159 УК РФ) в отношении ООО «Многопрофильная процессинговая компания» (МПК). По версии следствия, «под воздействием обмана» МПК заключила «заведомо невыгодный договор» с учрежденным братьями Главным подписным агентством. Фактически, по данным СК, услуги по доставке оборудования МПК продолжал оказывать один из бывших контрагентов. Ущерб от посреднических услуг ГПА оценен в 3,8 млн руб. Сообщалось, что уголовное дело соединено в одном производстве с делом по обвинению братьев Навальных в мошенничестве в отношении компании «Ив Роше Восток». Расследование продолжается.
8 мая 2013 года полиция провела обыски в кировском штабе Алексея Навального после поступившего сообщения о возможном наличии экстремистских материалов. В итоге были изъяты несколько сотен листовок в поддержку оппозиционера. В июле действия полиции признали законными.