10 февраля 2011 года вскоре после теракта в аэропорту «Домодедово» президент Дмитрий Медведев раскритиковал работу главы РЖД Владимира Якунина во время визита на Киевский вокзал: «Где милиция, как контроль осуществляется? В зале никого нет. Они обязаны ходить». После этого господин Медведев обратился к генпрокурору Юрию Чайке: «Юрий Яковлевич, надо разобраться с РЖД». По данным СМИ, вскоре президент позвонил главе РЖД, раскритиковал работу ведомства и заявил: «Поручаю навести порядок и в течение трех дней доложить мне».
В январе 2012 года вице-премьер Игорь Сечин в письме Владимиру Якунину и министру транспорта Игорю Левитину раскритиковал реакцию РЖД на требования правительства по раскрытию информации о контрагентах, потребовав «не доводить ситуацию до абсурда». Это случилось после того, как РЖД и ряд других госкомпаний смутили сотни тысяч своих клиентов запросами о бенефициарах со ссылкой на правительство и угрозой в противном случае разорвать договоры.
14 ноября 2012 года Владимира Якунина в эфире радиостанции «РСН» раскритиковал журналист Сергей Доренко: «Превратить прибыльную компанию в убыточную нелегко. Для данного надо вывести активы каким-то образом в «дочек», отдать прибыльные контракты всевозможным левым компаниям — большая работа. Т.е. превратить потенциально выгодную компанию «РЖД» в ничтожество облеванное — это по силам только Владимиру Якунину». 29 января 2013 года Владимир Якунин подал против Сергея Доренко иск о защите чести и достоинства и компенсации морального вреда в размере 80 тыс. руб. Судебное разбирательство продолжается до сих пор.
13 апреля 2013 года бывший игрок футбольного клуба «Спартак» Валерий Рейнгольд раскритиковал Владимира Якунина в интервью изданию «Советский спорт» за управление футбольным клубом «Локомотив»: «С нынешним составом у «железнодорожников» не получится бороться за лидерские позиции в чемпионате. Слишком много «туристов». Якунин сказал, что Билич второй тренер в мире? Если это так, то я вообще в футболе ничего не понимаю и нечего мне звонить. Конечно, всем понятно, что Якунин в футболе — дилетант».