В феврале 2009 года правительственная комиссия по контролю за осуществлением иностранных инвестиций не разрешила ТНК-BP купить 5,49% акций "Верхнечонскнефтегаза" (ВЧНГ). Причиной назвали то, что доля зарубежного капитала в ВЧНГ в случае одобрения сделки возрастала до 74%.
В декабре 2009 года комиссия отклонила сделку по приобретению тремя гражданами Канады Дарасунского рудника в Читинской области. ФАС объяснила решение комиссии возможностью продать лицензию рудника на аукционе.
В январе 2010 года "Базэл" Олега Дерипаски отказался от покупки "Русснефти", не дождавшись разрешения комиссии. В феврале комиссия рекомендовала отозвать заявку, так как к тому времени "Русснефть" вернулась к прежнему владельцу Михаилу Гуцериеву.
В декабре 2010 года комиссия отказала иранской компании Khazar Sea Shipping Lines в приобретении ООО "Альфа-порт" (Астрахань). Причиной стало нахождение иранской фирмы в черном списке ООН и ее отказ назвать владельцев. Тогда же было объявлено об отказе компании TeliaSonera в объединении Turkcell с "МегаФоном". Их акционеры, TeliaSonera и Altimo, планировали объединить свои доли и зарегистрировать в одной из западных стран новую компанию, что не устроило комиссию.
В октябре 2011 года комиссия не разрешила кипрской Weatherford взять под контроль ОАО "Газпромнефть-Ноябрьскнефтегазгеофизика". В том же году комиссия должна была дать разрешение Михаилу Прохорову вывести "Полюс Золото" на премиальный листинг на Лондонской фондовой бирже. Не дождавшись разрешения, бизнесмен отозвал заявку.
В ноябре 2012 года комиссия предписала китайской Pacific Andes продать все российские активы в области вылова биоресурсов. Вызвано это было тем, что компания не получила необходимые разрешения на работу в РФ.