В феврале 1996 года ВТО начала рассматривать длившийся с начала 1990-х годов спор латиноамериканских государств и США с Евросоюзом, предоставлявшим лучшие условия для импорта бананов бывшим колониям европейских стран. Комиссия ВТО неоднократно признавала действия ЕС неправомерными. Окончательное урегулирование было достигнуто в ноябре 2012 года, когда стороны договорились о замене сложной системы количественных и ценовых ограничений единой импортной пошлиной.
В сентябре 2002 года Бразилия подала жалобу в ВТО, заявив, что субсидии производителям хлопка в США создают неравные условия на рынке. В 2004 году организация подтвердила факт нарушения. В августе 2009 года ВТО разрешила Бразилии применять в отношении США ежегодные торговые санкции на $829 млн. В 2010 году стороны договорились, что вместо этого США создадут специальный фонд для поддержки хлопкового сектора Бразилии.
В октябре 2004 года США в рамках ВТО обвинили Евросоюз в незаконном субсидировании авиаконцерна Airbus. ЕС подал встречный иск, обжаловав субсидии американских властей компании Boeing. В 2010-2011 годах ВТО частично подтвердило обвинения обоих сторон, признав, что Airbus неправомерно получил госфинансирование на $18 млрд, а Boeing — на $5,3 млрд.
В июне 2009 года США, ЕС и Мексика обратились с жалобой на неправомерное использование Китаем ограничений на экспорт ряда сырьевых товаров (например, цинка, фосфора, бокситов). В июле 2011 года комиссия по урегулированию споров ВТО постановила, что введенные пошлины и квоты противоречат нормам организации. После этого ЕС, США и Япония подали аналогичную жалобу на ограничение экспорта редкоземельных металлов.