9 апреля 1989 года католикос-патриарх всея Грузии Илия II призывал собравшихся в центре Тбилиси демонстрантов «проявить благоразумие» и разойтись. Митингующие его проигнорировали, и через 45 минут была проведена силовая операция. Погибли 16 человек.
28 октября 1990 года он обнародовал указ, по которому «всякий убийца грузина» объявлялся «врагом грузинского народа» и церкви. Причиной появления документа называлось стремление предотвратить «братоубийственную войну». Однако представители национальных движений Абхазии и Южной Осетии истолковали указ как разрешение на убийство негрузин и повесили на Илию II ярлык фашиста.
Патриарх неоднократно выступал в качестве посредника между властями и оппозицией. Эту роль он играл во время «революции роз» в ноябре 2003 года, а также массовых выступлений противников президента Михаила Саакашвили в ноябре 2007 года и в мае 2009 года. Считается, что встреча 9 октября 2012 года между лидером оппозиционной коалиции «Грузинская мечта» Бидзиной Иванишвили и Михаилом Саакашвили стала возможной только после личного вмешательства Илии II.
Также патриарх имеет богатый опыт посредничества в отношениях между Россией и Грузией. В ноябре 2003 года на встрече в Ново-Огарево с президентом Владимиром Путиным он обозначил намерение решать проблемы Грузии на Кавказе с участием Москвы. После конфликта в Южной Осетии, в августе 2008 года, Илия II стал первым представителем Тбилиси, с кем согласился встретиться президент Дмитрий Медведев.