Создана указом президента 9 марта 2004 года в результате преобразования Федеральной энергетической комиссии РФ. Является федеральным органом исполнительной власти по регулированию естественных монополий. Осуществляет государственное регулирование тарифов в электроэнергетике; нефтегазовом комплексе; на железнодорожном и ином транспорте; на услуги в транспортных терминалах, портах, аэропортах; на услуги общедоступной электрической и почтовой связи; а также на иные виды товаров или услуг, подлежащих государственному регулированию в соответствии с законодательством РФ. В ФСТ работает 425 человек. С начала 2012 года ФСТ проверила 9498 тарифных решений, принятых региональными органами регулирования. По 1613 решениям были вынесены предписания об устранении нарушений законодательства. В бюджете 2012 года на обеспечение работы ФСТ выделено 762 млн руб.