Планы по созданию единого ведомства для надзора за финансовыми рынками появились в первой половине 2000-х. В ноябре 2003 года создание мегарегулятора обсуждалось на заседании правительства, по итогам которого Минфину, Минэкономразвития и другим ведомствам было поручено "представить свои предложения" по этому вопросу.
В марте 2004 года первым шагом по реализации данной инициативы стало создание Федеральной службы по финансовым рынкам (ФСФР). Предполагалось, что мегарегулятор сформируют на ее основе как коллегиальный и независимый орган. При этом он должен был объединить не только регулирование страхового и фондового рынков, но и банковский надзор.
В 2005 году концепция создания мегарегулятора была официально выдвинута ФСФР в проекте "Стратегии развития финансового рынка на 2006-2008 годы". В феврале 2006 года правительство утвердила основные принципы стратегии, однако идея независимости регулятора от исполнительной власти была отвергнута, также как и передача ему контроля за банками.
К маю 2007 года из-за противоречий в правительстве процесс обсуждения был практически остановлен, а главный лоббист создания мегарегулятора — глава ФСФР Олег Вьюгин — ушел в отставку. Сменивший его Владимир Миловидов заявил, что служба "уже сейчас является мегарегулятором" и дополнительные функции ей вряд ли понадобятся.
В апреле 2009 года эту тему вновь поднял помощник президента Аркадий Дворкович, заявивший о целесообразности создания такого института. В сентябре свой законопроект о создании мегарегулятора как саморегулируемой организации участников рынка внесли в Госдуму депутаты-справороссы, однако поддержки он не получил.
В середине декабря 2010 года Минфин обнародовал проект указа президента, предусматривающий создание мегарегулятора на базе подконтрольного главе государства Росстрахнадзора путем присоединения к нему подчиненной правительству ФСФР. В конце месяца, после совещания у президента Дмитрия Медведева, концепция поменялась — предлагалось упразднить уже Росстрахнадзор и передать его функции ФСФР.
4 марта 2011 года Дмитрий Медведев подписал указ "О мерах по совершенствованию государственного регулирования в сфере финансового рынка", предусматривающий создание мегарегулятора на базе ФСФР.