С момента присоединения к России в середине XIX века дальневосточные территории входили в состав Восточно-Сибирского генерал-губернаторства. В июне 1884 года они были административно обособлены — было создано Приамурское генерал-губернаторство с центром в Хабаровке, переименованной позже в Хабаровск. В состав генерал-губернаторства входили Забайкальская, Амурская и Приморская области, Владивостокское военное губернаторство (существовало в 1880-1888 годах), а также остров Сахалин. После февральской революции 1917 года генерал-губернаторство было упразднено, территория стала называться Дальневосточным краем.
В 1920 году на территории от Байкала до Тихого океана по решению большевиков была образована формально независимая от Советской России Дальневосточная Республика. Она была создана, чтобы в условиях Гражданской войны избежать прямого столкновения с Японией и выйти из международной изоляции, используя "буферное государство". Уже в 1922 году ДВР включили в состав РСФСР как Дальневосточную область.
В 1926 году на ее месте сформирован Дальневосточный край. В 1938 году он был разделен на Хабаровский и Приморский края. В 1940-1950-х годах из Хабаровского края в самостоятельные регионы выделены Сахалинская, Амурская, Магаданская и Камчатская области. В начале 1990-х самостоятельность получили Чукотский и Корякский автономные округа (последний утратил статус субъекта в 2007 году) и Еврейская автономная область. В целях управления народным хозяйством Госплан СССР объединил эти регионы, а также географически больше относящуюся к Сибири Якутию, в Дальневосточный экономический район.
В 2000 году был образован Дальневосточный федеральный округ с административным центром в Хабаровске, повторявший границы экономического района.
В январе 2012 года на встрече с премьер-министром Владимиром Путиным глава МЧС Сергей Шойгу выдвинул идею по созданию госкорпорации по развитию Восточной Сибири и Дальнего Востока. 21 мая 2012 года было объявлено об учреждении Министерства РФ по развитию Дальнего Востока.