Гражданская война, приведшая к распаду Сомалийской Демократической Республики, началась в мае 1988 года. После свержения в 1991 году центрального правительства Мохаммеда Сиада Барре появилось несколько центров силы, сформировавшихся на основе этнических и клановых факторов и оказавшихся в состоянии войны всех против всех. Наиболее дееспособными образованиями стали Сомалиленд и Пунтленд.
В 1992-1995 годах в стране проходили санкционированные ООН миротворческие операции "Возрождение надежды" и "Продолжение надежды", основную роль в руководстве которыми осуществили США. Однако 28 тыс. миротворцев ООН не смогли добиться прекращения гражданского конфликта.
В 2004 году было сформировано Переходное федеральное правительство, включившее в свой состав большинство влиятельных полевых командиров. Однако к этому времени ключевым фактором в продолжающемся кризисе стали исламские фундаменталисты — Союз исламских судов (СИС). В течение 2006 года союз установил контроль над большей частью центральных и южных провинций, в том числе над столицей страны Могадишо. При поддержке США в декабре 2006 года войска Эфиопии начали наступление на отряды исламистов и быстро добились их разгрома. Но переходному правительству так и не удалось закрепиться на территориях, очищенных от сил СИС. На смену им пришло несколько новых группировок, ставящих целью создание исламского государства на территории всего Африканского Рога. Самыми известными из них являются "Аш-Шабааб" и "Хизб аль-Исламия".
К концу 2010 года "Аш-Шабааб" удалось взять под контроль примерно половину бывшего Сомали — весь юг и часть центральных провинций вместе с ключевым портом Кисмайо. Центральному правительству при военной помощи Африканского союза удалось удержать Могадишо, а осенью 2011 года на его стороне выступили вооруженные силы Кении и Эфиопии.