Создано 9 марта 2004 года на базе Федеральной службы специального строительства, функционировавшей под разными названиями с 1951 года. Является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим организацию работ в области специального и дорожного строительства в интересах обороны и безопасности государства. Подведомственно Минобороны. В структуру агентства входят центральный аппарат и 16 ФГУПов. Выручка в 2011 году — 96,3 млрд руб., из них 63,3% пришлось на подрядные работы по специальному строительству, 32,4% — на услуги производственного характера, 4,3% — на реализацию промышленной продукции. Основными заказчиками выступали Минобороны (17,3 млрд руб.), Минэнерго (9,9 млрд руб.), Минпромторг (7,1 млрд руб.), Роскосмос (2,3 млрд руб.). Чистая прибыль составила 1,15 млрд руб. Всего за 2011 год введено 706,7 тыс. кв. м площадей, из них жилья — 410 тыс. кв. м. Общая программа подрядных работ на 2012 год составляет 151,2 млрд руб., что больше аналогичного показателя прошлого года в 2,5 раза.