Владимир Поповкин назначен на должность руководителя Федерального космического агентства 29 апреля 2011 года. Под его руководством Роскосмос осуществил 31 запуск ракет-носителей, из которых 3 были пилотируемыми. Четыре непилотируемых запуска оказались неудачными. Были потеряны спутники "Экспресс-АМ4" и "Меридиан", космический грузовик "Прогресс М-12М" и аппарат "Фобос-Грунт".
Господину Поповкину удалось добиться увеличения бюджета агентства в 1,5 раза — с 94,3 млрд руб. в 2011 году до 143,98 млрд руб. в 2012-м. Дополнительно в феврале 2012 года Роскосмос согласовал с Минэкономразвития программу "Поддержание, развитие и использование системы ГЛОНАСС на 2012-2020 годы", предусматривающую выделение 346,6 млрд руб. из федерального бюджета.
Главными стратегическими решениями Владимира Поповкина стали отказ от программы создания новой ракеты-носителя "Русь-М" (из-за недостатка средств) и выбор Луны как главной цели для исследований (ранее таковой был Марс). 6 марта 2012 года в правительство был внесен проект "Стратегии развития российской космонавтики до 2030 года". В нем, в частности, говорится об "осуществлении демонстративного пилотируемого облета Луны с последующей высадкой космонавтов на ее поверхность и возвращением их на Землю".
Кардинальных кадровых перемен ведомство пока не претерпело. Можно вспомнить лишь назначение на пост личного пресс-секретаря господина Поповкина топ-модели Анны Ведищевой, которая ранее ни к пиару, ни к космосу отношения не имела.