Создана в марте 2004 года на основе Федеральной комиссии по рынку ценных бумаг. Позже получила часть функций Минфина, Минтруда, Министерства по антимонопольной политике и Федеральной службы страхового надзора. Является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по принятию нормативных правовых актов, контролю и надзору в сфере финансовых рынков за исключением банковской и аудиторской деятельности. В 2011 году к обязанностям ФСФР добавилось регулирование сфер страховой и микрофинансовой деятельности, кредитной кооперации. Находится в прямом подчинении правительства. Структура ведомства включает в себя 13 управлений и 3 отдела. ФСФР имеет 13 территориальных органов и 29 территориальных отделов. Предельная штатная численность центрального аппарата службы — 486 человек, территориальных органов — 1035 человек. Бюджетные расходы ФСФР в 2011 году составили около 863 млн руб., в 2012 году запланированы в размере около 890 млн руб.