С 1 января 2000 года в СМИ сообщалось о 7 авиационных происшествиях с самолетами МиГ-31. Среди них — 1 катастрофа, в которой погиб 1 человек. Для сравнения, за тот же период вне зон боевых действий с самолетами Су-24 произошло 16 инцидентов (6 погибших), МиГ-29 — 9 (5 погибших), Су-27 — 11 (5), Cу-25 — 6 (3).
6 апреля 2000 года на аэродроме Котлас (Архангельская область) МиГ-31 458-го гвардейского истребительного авиаполка при посадке в сложных метеоусловиях коснулся земли до начала взлетной-посадочной полосы. От удара сломалась правая основная стойка шасси, самолет сошел с полосы, перевернулся и загорелся. Кабина пилотов зарылась в грунт, один из летчиков — майор Евгений Строителев — погиб.
28 февраля 2001 года у самолета МиГ-31 174-го гвардейского истребительного авиаполка в полете отказали энерго- и гидросистемы, загорелся правый двигатель. Горящий самолет успешно приземлился на аэродроме Мончегорска (Мурманская область).
14 октября 2003 года в Тверской области при облете после ремонта МиГ-31 из состава 3958-й гвардейской авиабазы сработал сигнализатор пожара правого двигателя. При попытке аварийной посадки упали обороты работающего правого двигателя, отказала гидросистема, и самолет дал недопустимо большой крен в 15%, после чего экипаж катапультировался.
1 июня 2005 года в Хотилово (Тверская область) при посадке МиГ-31ДЗ 790-го истребительного авиаполка из-за заводских дефектов разрушилась левая основная стойка шасси, самолет развернуло, он разрушился и загорелся.
В апреле 2008 года у МиГ-31 712-го гвардейского истребительного авиаполка в полете на высоте 16 км и скорости 2500 км/ч сорвало фонарь кабины, однако экипаж успешно совершил аварийную посадку.
10 марта 2010 года на аэродроме Котласа (Архангельская область) МиГ-31 при посадке попал в плотный снежный заряд, сошел с полосы на боковую полосу безопасности, зацепился правым крылом за снежный бруствер и перевернулся, сломав левое крыло и левый киль. В перевернутом самолете сработали пороховые ускорители катапульт. Штурману удалось покинуть самолет самостоятельно, пилота пришлось извлекать спасателям. Виновным в аварии признан руководитель полетов.
19 ноября 2010 года МиГ-31 из состава 6977-й авиабазы разбился в 60 км северо-восточнее аэродрома Большое Савино, Чусовской район (Пермский край). Выполнив фигуру пилотажа «горка» и выходя из нее выполнением «полубочки», самолет потерял скорость и свалился в плоский штопор. Оба пилота катапультировались на высоте около 3,5 тыс. м. Среди версий — ошибки пилотирования или отказ двигателя.