Обозреватель «Новой газеты» Анна Политковская была застрелена 7 октября 2006 года в подъезде своего дома на Лесной улице в Москве. 27 августа 2007 года генпрокурор Юрий Чайка объявил об аресте десятерых подозреваемых. Вскоре был задержан 11-й — экс-сотрудник столичного УБОПа Сергей Хаджикурбанов. Обвинения предъявили братьям Ибрагиму и Джабраилу Махмудовым (по версии следствия, помогавшим убийце), господину Хаджикурбанову (якобы организовал преступление) и Павлу Рягузову (якобы помог достать адрес журналистки). Остальных фигурантов переквалифицировали в свидетели.
29 марта 2008 года следственный комитет при прокуратуре назвал третьего брата Махмудова, Рустама, непосредственным исполнителем убийства и объявил его в международный розыск.
18 июня 2008 года объявлено о завершении следствия.
17 ноября 2008 года в Московском окружном военном суде (МОВС) начался процесс по делу. Судья Евгений Зубов отверг просьбу обвинения о проведении его в закрытом режиме. Однако 19 ноября он сам закрыл разбирательства «в связи с давлением на коллегию присяжных». На следующий день один из членов коллегии опроверг слова судьи. После разразившегося скандала процесс вновь открыли.
6 февраля 2009 года завершено судебное следствие. 16 февраля в ходе прений сторон гособвинение, сославшись на расследование журналистов «Новой газеты», обвинило в соучастии в организации убийства Лом-Али Гайтукаева (двоюродный дядя обвиняемых Махмудовых), ранее бывшего свидетелем. 19 февраля все обвиняемые были единогласно оправданы коллегией присяжных заседателей.
27 февраля 2009 года Генпрокуратура подала в Верховный суд кассационное представление на оправдательный приговор. 2 апреля Сергей Хаджикурбанов был задержан по обвинению в вымогательстве $350 тыс. у главного свидетеля по делу об убийстве журналистки Дмитрия Павлюченкова. 25 июня военная коллегия Верховного суда отменила оправдательный приговор.
5 августа в МОВС начался повторный процесс. 3 сентября военная коллегия Верховного суда удовлетворила представление Генпрокуратуры об объединении уголовных дел обвиняемых в соучастии в убийстве с выделенным в отдельное производство делом предполагаемого киллера Рустама Махмудова.
15 февраля 2010 года Сергей Хаджикурбанов был признан виновным в вымогательстве денег у господина Павлюченкова, Таганский суд Москвы приговорил его к восьми годам колонии строгого режима. 7 октября следственный комитет при прокуратуре РФ предъявил Сергею Хаджикурбанову новое обвинение в организации убийства Анны Политковской. Оно практически полностью повторяло обвинение, выдвинутое в ходе первого дела, за исключением эпизода с превышением должностных полномочий и вымогательством совместно с подполковником ФСБ Павлом Рягузовым. Такая формулировка позволила перенести рассмотрение из военного суда в Мосгорсуд.