1 июня 2004 года против губернатора Ярославской области Анатолия Лисицына, вступившего в «Единую Россию» в феврале 2003 года и поддержанного партией на выборах, было возбуждено уголовное дело по фактам нецелевого использования средств. 20 августа ему предъявили обвинение в превышении полномочий. 4 апреля 2005 года дела были прекращены в связи с истечением срока давности. В декабре 2007 года, после того как на парламентских выборах «Единая Россия» показала в области один из самых низких результатов по стране (53%), господин Лисицын ушел с поста губернатора в Госдуму.
19 мая 2006 года Генпрокуратура произвела обыск кабинета и квартиры губернатора Ненецкого автономного округа, члена «Единой России» Алексея Баринова в рамках дела о хищении из ОАО «Архангельскгеолдобыча» 30 млн руб. 21 июля он был отстранен от должности. 6 сентября 2007 года бывшего губернатора осудили на три года условно.
В 2007–2008 годах были возбуждены дела сразу против нескольких заместителей губернатора Приморского края — Бориса Гельцера, Владимира Розенберга, Александра Шишкина, Александра Табаченко. В мае 2008 года в рамках расследования дела о злоупотреблениях при приватизации недвижимости был допрошен и сам губернатор, член политсовета регионального отделения «Единой России» Сергей Дарькин, в его доме и рабочем кабинете прошли обыски. В январе 2010 года господин Дарькин был переутвержден на посту.
5 мая 2008 года было возбуждено дело против исполняющего обязанности первого вице-губернатора Амурской области — главы администрации губернатора Владимира Кулинича. В 2007 году он покинул партию «Справедливая Россия» и стал во главе регионального штаба «Единой России» на выборах в Госдуму. Следствие выяснило, что чиновник незаконно требовал от местных предпринимателей отчислений в региональный жилищный фонд в обмен на разрешение использовать труд гастарбайтеров. В сентябре 2010 года Владимир Кулинич был приговорен к штрафу 150 тыс. руб.