В мае 2003 года инвесткомпания "Пролог" начала испытывать трудности с выполнением обязательств по сделкам репо на ФБ ММВБ. Неудачная игра на понижение акций РАО "ЕЭС России" привела к потерям. Для проведения операций компания использовала клиентские средства. Выпущенные впоследствии высокодоходные векселя для компенсации потерь усугубили ситуацию. 18 июня Федеральная комиссия по рынку ценных бумаг (ФКЦБ, предшественница Федеральной службы по финансовым рынкам, ФСФР) приостановила лицензию профучастника, а 16 июля 2003 года лицензия у "Пролога" была аннулирована.
6 августа 2003 года ФКЦБ приняла решение о приостановлении лицензии инвесткомпании "Ямальский фондовый центр". По данным ФКЦБ, у компании отсутствовал обособленный учет средств клиентов, были нарушения требований к квалификации персонала, недостатки в налоговом учете и т. п. 20 августа 2003 года у компании была отозвана лицензия профучастника.
27 декабря 2005 года ФСФР отозвала лицензию на ведение депозитарной деятельности у компании "Брокеркредитсервис" (БКС). По данным ФСФР, в ходе плановой проверки было выявлено, что в компании со счетов депо клиентов списывались ценные бумаги "в количестве, превышающем их фактическое число на этих счетах". В БКС заявили, что "нарушения были связаны с ошибкой в хронологическом порядке учета депозитарных операций внутри дня по одному из счетов клиентов компании; ошибка произошла в связи с внедренной для удобства клиентов пакетной обработкой депозитарных поручений и не влияла на остатки ценных бумаг на счетах клиентов". БКС восстановила лицензию на депозитарные операции 27 июля 2006 года.