Компания МЭС была зарегистрирована в 1990 году. Одним из ее учредителей выступало хозяйственное управление Московской патриархии. В 1994-1995 годах по квотам, выделенным правительством РПЦ, МЭС занималась торговлей нефтью и нефтепродуктами. В то время ежегодный оборот МЭС достигал $2 млрд. После отмены льгот патриархия вышла из состава ее учредителей, а МЭС перерегистрировали в РАО. Среди проектов, в которых потом участвовала компания,— программа ООН "Нефть в обмен на продовольствие", по которой в Ирак поступала гуманитарная помощь.
