Раз в несколько лет на мировом рынке кофе правит бал климатический феномен Эль-Ниньо, глобальное явление в системе океан--атмосфера--суша. Оно возникает раз в два, три, пять или семь лет в западной части Тихого океана, распространяется вдоль экватора на всю планету и вызывает глобальные изменения климата. Пик разгула стихийных бедствий и катастроф, связанных с Эль-Ниньо, приходится на период с декабря по март. Основные производители кофе — Колумбия, Боливия, Индонезия, Кения и Филиппины — к этому времени обычно пребывают в состоянии боевой готовности.
В 1998 году Эль-Ниньо имел самые суровые последствия в районах произрастания кофе. В Мексику, Центральную Америку и Восточную Африку он принес обильные ливни и наводнения, а в Колумбии, Индонезии и Папуа--Новой Гвинее, напротив, вызвал засуху. Эль-Ниньо держал трейдеров в напряжении почти весь сезон сбора урожая — на кофейные плантации обрушивались то ураганы с наводнениями, то ранние заморозки. А в середине октября того же года вдоль тихоокеанского побережья Мексики пронесся тропический ураган Паулина. Хотя кофейные плантации пострадали незначительно, на рынке кофе тогда воцарилась настоящая паника. Цены на кофе вновь взлетели. Однако со временем ситуация вошла в более спокойное русло, и котировки снизились из-за благоприятного прогноза на урожай.