Функции федерального органа государственного регулирования аудиторской деятельности осуществляет федеральный орган исполнительной власти, определяемый правительством РФ. Положение о федеральном органе утверждается правительством РФ.
Основными функциями федерального органа являются: издание в пределах своей компетенции нормативных правовых актов, регулирующих аудиторскую деятельность; утверждение общероссийских правил (стандартов) аудиторской деятельности; организация системы аттестации аудиторов в РФ; лицензирование аудиторской деятельности; определение объема и разработка порядка предоставления федеральному органу отчетности индивидуальных аудиторов и аудиторских организаций; организация системы контроля качества работы аудиторских организаций внешними проверяющими; аккредитация профессиональных аудиторских объединений; ведение государственных реестров аттестованных аудиторов, индивидуальных аудиторов и аудиторских организаций, а также аккредитованных профессиональных аудиторских объединений.