Со времени начала эксплуатации суперпоезда РЖД с ним и по маршруту его движения случилось немало происшествий.
Любань
Возле этой станции 30 июля 2009 года во время первой полной демонстрационной поездки из Москвы в Санкт-Петербург "Сапсан" сбил птицу.
Алешинка — Угловка
Здесь 27 ноября 2009 года сошел с рельсов "Невский экспересс". "Сапсан" доставил бригаду спасателей к месту крушения и эвакуировал пострадавших.
Бушевец — Академическая
Здесь 24 декабря 2009 года "Сапсан" совершил наезд на человека, внезапно появившегося между платформой и первым главным путем.
Санкт-Петербург
Здесь 28 декабря 2009 года пассажиры, устав ждать поездов, задерживающихся из-за небывалых снежных заносов, заняли места в "Сапсане" — и благополучно, без всякой доплаты доехали до места.
Лихославль
Здесь 8 января 2010 года "Сапсан" на скорости 200 км/ч сбил человека, внезапно выскочившего на путь.
Вышний Волочек — Леонтьево
Здесь 12 января 2010 года "Сапсан" впервые подвергся нападению. Его совершил ранее судимый Михаил Самарцев. По его словам, глыбу льда в поезд он кинул из чувства обиды: накануне поезд сдул его с насыпи, когда он шел домой.
Академическая — Бочановка
Здесь 26 января 2010 года камнем было разбито стекло одного из вагонов поезда. По одной из версий, "Сапсан" подвергся нападению хулиганов, по другой — пострадал от своей же воздушной волной.
Крюково — Поварово
Здесь 29 марта 2010 года произошел обрыв усиливающего провода, из-за чего "Сапсан" прибыл в Петербург на час позже графика. Простой "Сапсана" вызвал задержку электричек на время от 29 минут до 1 часа 34 минут.