Паспортизация Абхазии, Южной Осетии и Приднестровья стала единственной четко спланированной процедурой, проведенной российскими властями.
Массовая выдача российских паспортов жителям Абхазии и Южной Осетии началась 1 июня 2002 года после принятия нового закона о гражданстве. Он предоставлял право бывшим гражданам СССР, оставшимся без гражданства после распада Советского Союза, обменять советский паспорт на российский.
В Абхазии за первый же месяц действия закона паспорта получили 150 тыс. человек. Как сообщали СМИ, в шести из семи районов республики были организованы пункты по приему заявлений, а по отдаленным селам ездили выездные бригады. Сроки выдачи документов составляли три-восемь дней. Аналогичная ситуация была и в Южной Осетии. Если к началу действия закона количество российских граждан в Абхазии оценивалось примерно в 30%, а в Южной Осетии немного превышало 40%, то в 2006 году уже назывались цифры 80% и 90%.
Введение процедуры ускоренной выдачи паспортов произошло на фоне общего ухудшения российско-грузинских отношений. Грузия была недовольна введением в конце 2000 года визового режима, не распространяющегося на непризнанные республики. Россия — сближением Грузии с Вашингтоном, в контексте которого в 2001 году в Поти были проведены первые учения НАТО. В октябре 2001 года отношения обострились из-за ввода грузинских войск в Кодорское ущелье. Российские миротворцы и наблюдатели ООН смогли возобновить патрули в регионе только через шесть месяцев. Грузия обвиняла Россию в бомбардировках Панкисского ущелья, где скрываются чеченские боевики, а в начале 2002 года объявила, что контртеррористическую операцию там будет проводить спецназ США. Грузинский парламент требовал вывода миротворцев из Абхазии, российский — введения против Грузии экономических санкций в виде ограничения поставок российской электроэнергии по льготным ценам. Страны не могли договориться о сроках вывода военных баз из Ахалкалаки и Батуми и о возвращении чеченских беженцев из Панкиси.
В Приднестровье закон 2002 года ажиотажа не вызвал, поскольку в Тирасполе не было российского консульства. Тем не менее это не мешало различным пророссийским общественным организациям, вплоть до церковных, осуществлять выдачу паспортов РФ, которая была поставлена на коммерческую основу. До недавнего времени российское гражданство в Приднестровье можно было получить в течение одного месяца, заплатив посреднику до $2,5 тыс. Те, кто не мог себе этого позволить, были вынуждены ехать в Кишинев, стоять в километровой очереди и долго дожидаться оформления (или платить посреднику). Процесс ускорился, когда в сентябре 2006 года в Тирасполе открылся центр по оформлению документов на принятие российского гражданства. В марте 2008 года приднестровский лидер Игорь Смирнов, сам являющийся гражданином РФ, заявил, что в его республике насчитывается более 100 тыс. человек с российскими паспортами. Это пятая часть населения непризнанной республики.
Благодаря массовой паспортизации конфликтных регионов на постсоветском пространстве Россия получила возможность объяснять свои действия в отношении Грузии или Молдавии необходимостью защиты интересов проживающих там россиян. В частности, этот бесспорный аргумент активно использовался Москвой в качестве обоснования операции по принуждению Грузии к миру.
К издержкам паспортизации можно отнести появление сотен тысяч граждан России, которые могут не платить налоги и не служить в армии, зато наделены избирательным правом и правом на получение российской пенсии. Кроме того, эта акция вызвала в мире подозрения в том, что Россия претендует не только на людей, но и на территории.