Быстрее, точнее, дешевле
Первые результаты казанцев подтверждены в Петербурге
Мы уже сообщали («Стартует Казань», см. “Ъ” от 7 июля), что Русфонд и Институт фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета (ИФМБ КФУ) начали освоение нового для России метода типирования потенциальных доноров костного мозга. Эксперимент завершен, результат получен и подтвержден с помощью контроля качества, проведенного совместно с НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии имени Р. М. Горбачевой (Санкт-Петербург).
Фото: Светлана Сущень, Коммерсантъ
Метод NGS (next-generation sequencing — секвенирование нового поколения) нашел применение во многих развитых странах в исследованиях в области онкологии, при диагностике онкологических и наследственных заболеваний. Он также зарекомендовал себя как наиболее быстрый, точный и наименее дорогой способ определения фенотипов потенциальных доноров костного мозга.
Для нашего Национального регистра доноров костного мозга имени Васи Перевощикова все составляющие этой триады — быстрее, точнее, дешевле — имеют огромное значение. Взять цену: типирование одного донора методом NGS уже обойдется вдвое дешевле, чем до сих пор. Стоимость реагентов, покупку которых финансируем мы с вами, дорогие читатели и телезрители, сейчас составляет 14 тыс. руб. Реагенты для NGS, как подтвердили в Казани, в расчете на одного донора — 7 тыс. руб. То есть в 2018-м с помощью NGS на 140 млн руб. мы сможем протипировать не 10 тыс. добровольцев, а не менее 20 тыс.
— Опыт получения HLA-фенотипов с помощью NGS освоен,— говорит старший научный сотрудник ИФМБ КФУ Елена Шагимарданова.— Контроль качества пройден, теперь до конца года надо выйти на проектную мощность — типирование 384 доноров в неделю.
Контроль качества делался так: лаборатория тканевого типирования Санкт-Петербургского НИИ имени Р. М. Горбачевой предоставила казанцам образцы ДНК 20 человек, протипированных с помощью классического секвенатора. Казанцы заново, уже с помощью NGS, определили по этим ДНК фенотипы и прислали в Петербург результаты.
— Найдена всего одна ошибка,— рассказывает заведующая лабораторией тканевого типирования НИИ имени Р. М. Горбачевой Наталья Иванова.— Даже по весьма строгим меркам Европейской ассоциации иммуногенетиков (EFI) это положительный результат. В нашем же случае — в случае первого опыта — я считаю это очень хорошим результатом.
Почему для освоения метода была выбрана Казань?
— Надеюсь, не только потому, что у нас уже было оборудование для NGS и опыт работы на нем,— говорит директор ИФМБ КФУ Андрей Киясов.— Уверен, роль сыграла признанная Русфондом наша компетенция. Конечно, определение HLA-фенотипов, причем в массовом количестве, стало новой для нас задачей. Но она нам интересна как научно, так и по-человечески. Мы же понимаем, для чего делается регистр.
Новую задачу казанцы решали не только в лаборатории, но и в ходе стажировки сотрудников в Нидерландах и Германии — ее организовал Русфонд.
В германском регистре имени Стефана Морша нам рассказали, что на освоение NGS у них ушло около года. В Казани — четыре месяца. Что дальше? Мы надеемся, этот опыт будет повторен и в Петербурге, если будет на то добрая воля сотрудников НИИ имени Р. М. Горбачевой, руководства Первого Санкт-Петербургского государственного медуниверситета имени академика И. П. Павлова.
— Я была в лаборатории петербургского института,— говорит Елена Шагимарданова,— знакома с его сотрудниками, поэтому уверена: петербуржцы успешно освоят NGS.
Так же считает и Наталья Иванова. Результаты казанского опыта, признается она, обнадеживают и вселяют уверенность в успешном внедрении прогрессивного метода в Петербурге.