Долгое время вокруг МНПЗ не утихал корпоративный конфликт — с 2002 года «Газпром нефть» (тогда еще «Сибнефть») в партнерстве с «Татнефтью» пытались получить контроль над заводом, владея по 36,84% и 7,78% голосующих акций. Им противостояла Московская нефтегазовая компания (50,84%), подконтрольная предпринимателю Шалве Чигиринскому и правительству Москвы. Перераспределению долей косвенно способствовала Joy Lud, долг МНПЗ перед которой в 2006 году был наконец-то признан российскими судами. Дело в том, что прибыль завода за первое полугодие 2006 года составила лишь $530 тыс., и взыскание долга в пользу Joy Lud было критичным для МНПЗ. Если бы завод не выплатил дивиденды по привилегированным акциями, они бы стали голосующими, что обеспечило бы «Газпром нефти» и «Татнефти» большинство на собрании акционеров. Но дивиденды по итогам 2006 года были начислены, а попытки «Газпром нефти» оспорить это решение не увенчались успехом. Противостояние акционеров завершилось в январе 2008 года, когда основные акционеры завода смогли урегулировать свои разногласия и подписали меморандум о сотрудничестве, согласно которому управление МНПЗ должно осуществляться «на паритетных началах». В 2010 году МНПЗ был интегрирован в группу «Газпром нефть», под контролем которой сейчас находится более 80% акций.