23 апреля 1999 года арбитражный суд Вены (Австрия) отказал фирме East Petroleum Handelsges в рассмотрении иска на $83 млн к "дочке" ЮКОСа компании "Томскнефть". Австрийская компания утверждала, что понесла убытки в связи с нарушениями условий договора о совместной разработке Крапивинского месторождения, допущенными "Томскнефтью".
27 октября 1999 года суд Никосии (Кипр) отказал в иске миноритарному акционеру ряда "дочек" ЮКОСа компании Acirota Ltd, представлявшей интересы американского инвестора Кеннета Дарта о запрете допэмиссии акций "Томскнефти". Суд установил, что дело находится в юрисдикции арбитражных судов РФ. Аналогичное решение вынесли 3 ноября 1999 года суды Новой Зеландии и Маршалловых островов, где представители группы Кеннета Дарта пытались оспорить продажу акций "Самаранефтегаза", также входящего в состав ЮКОСа.
19 сентября 2002 года суд Мажейкяйского района Литвы удовлетворил жалобу группы миноритариев компании Mazeikiu nafta (MN) и признал недействительными решения собрания акционеров компании от 30 апреля о продаже акций ЮКОСу. 2 октября 2002 года руководство MN обжаловало решение районного суда. 3 декабря 2002 года Шяуляйский окружной суд отменил вердикт суда предыдущей инстанции.
21 ноября 2002 года федеральный суд Южного округа штата Техас (США) отказал в иске компании Dardana Ltd, требовавшей запретить перечисление $50 млн ЮКОСу компанией ExxonMobil за поставку 2 млн баррелей нефти. Dardana требовала от ЮКОСа погасить долг "Юганскнефтегаза" в $17 млн за оказание услуг по разведке месторождений. Суд признал, что решения в отношении ЮКОСа не входят в его компетенцию.
24 февраля 2005 года федеральный суд по банкротствам Южного округа штата Техас отклонил ходатайство ЮКОСа о реорганизации компании в соответствии с американским кодексом о банкротстве. Заявление отклонено по ходатайству Deutsche Bank в связи с тем, что основные активы ЮКОСа находятся в России. 4 марта ЮКОС обратился в окружной суд Хьюстона с апелляцией, но 22 марта отозвал заявление.
23 марта 2005 года компания ЮКОС подала жалобу на действия российских налоговых органов в Европейский суд по правам человека. 28 апреля 2005 года Евросуд принял решение о рассмотрении жалобы в приоритетном порядке.
22 августа 2005 года основной акционер ЮКОСа группа MENATEP, а также синдикат десяти банков во главе с Societe Generale, Deutsche Bank AG, Citigroup и ING NV подал в суд Амстердама (Голландия) иск против НК с требованием вернуть $1,1 млрд кредита, выделенного ЮКОСу в 2003 году. Рассмотрение иска продолжается.
6 октября 2005 года окружной суд Амстердама удовлетворил иск бывшей "дочки" ЮКОСа компании "Юганскнефтегаз" о наложении временного ареста на активы, принадлежащие компаниям Yukos Finance B.V. и Yukos International UK B.V. На балансе этих компаний находится 53,7% акций MN и 49% акций словацкой Transpetrol. По мнению истца, эти меры ускорят получение компенсаций от ЮКОСа в размере 62 млрд руб.