Большая часть островов Курильской гряды была открыта и освоена русскими мореплавателями в XVI-XVII веках. В 1786 году рескриптом императрицы Екатерины II Курильские острова провозглашены российскими владениями.
7 февраля 1855 года в японском порту Симода подписан первый русско-японский договор — Симодский трактат о торговле и границах. Документ устанавливал границу стран между островами Итуруп и Уруп. К Японии отходили острова Итуруп, Кунашир, Шикотан и группа островов Хабомаи, остальные признавались российскими владениями.
7 мая 1875 года подписан Петербургский договор, по которому Россия передала Японии права на все 18 курильских островов в обмен на отказ японской стороны от Сахалина.
В 1905 году, после поражения России в Русско-японской войне, подписан Портсмутский мирный договор, согласно которому Россия уступила Японии южную часть Сахалина. В 1925 году СССР отказался признать Портсмутский договор.
11 февраля 1945 года на Ялтинской конференции СССР, США и Великобритания достигли договоренности о вступлении Советского Союза в войну с Японией при условии возвращения ему после окончания войны Южного Сахалина и Курильских островов. 9 августа 1945 года СССР начал боевые действия против Японии, а в августе--сентябре оккупировал Южные Курилы.
2 февраля 1946 года президиум Верховного совета СССР своим указом включил Южный Сахалин и Курилы в состав СССР. 8 сентября 1951 года в Сан-Франциско заключен мирный договор между Японией и союзниками, согласно которому Япония отказалась от всех прав на Южный Сахалин и Курильские острова (СССР договор не подписывал). Сейчас Токио утверждает, что Итуруп, Шикотан, Кунашир и Хабомаи в состав Курильских островов не входят и от них Япония не отказывалась.
19 октября 1956 года принята Совместная декларация Японии и Союза Советских Социалистических Республик, которая прекращала состояние войны и восстанавливала дипломатические отношения между двумя странами, а также фиксировала согласие Советского Союза на передачу Японии островов Хабомаи и Шикотан после заключения мирного договора.
19 января 1960 года Япония продлила договор безопасности с США, подписанный 8 сентября 1951 года и узаконивший пребывание американских войск на японской территории. В ответ на это 27 января 1960 года была опубликована записка советского правительства властям Японии по поводу нового договора безопасности с США. В документе отмечалось, что это соглашение направлено против СССР и Китая и советское правительство "не может содействовать тому, чтобы передачей островов Шикотан и Хабомаи Японии была бы расширена территория, используемая иностранными войсками".
В этот же день Совет министров СССР отказался рассматривать вопрос о передаче двух островов, сославшись на то, что они могут быть использованы для размещения американских войск.
16-19 апреля 1991 года в ходе визита в Токио президент СССР Михаил Горбачев признал наличие территориальной проблемы в отношениях с Японией.
11-13 октября 1993 года во время визита в Японию президента России Бориса Ельцина была подписана Токийская декларация, призывавшая к скорейшему заключению мирного договора и решению территориальной проблемы.