29 марта начальник Генштаба РФ Анатолий Квашнин доложил о происшествии президенту Владимиру Путину. После встречи Анатолий Квашнин заявил: "Это дикий, позорный для вооруженных сил случай. Буданов явился, по сути дела, бандитом по отношению к мирному населению. Подонок, таких надо с корнем вырывать из армейского коллектива".
8 апреля по итогам обследования в Ростове-на-Дону в психиатрическом отделении #1602 СКВО Юрий Буданов направлен на экспертизу в стационар. 3 июля эксперты новочеркасской психиатрической больницы признали, что в момент преступления полковник был в состоянии аффекта, но вменяем.21 января 2001 года дело передано в суд. 28 февраля начались слушания, оглашены результаты экспертизы тела Эльзы Кунгаевой — с подсудимого Буданова сняли обвинение в изнасиловании. 9 июля назначена новая экспертиза в Государственном научном центре социальной и судебной психиатрии имени Сербского. Вывод экспертов: в момент убийства полковник был невменяем.
3 июля 2002 года суд назначил очередную экспертизу в Институте имени Сербского. 17 декабря эксперты вновь признали Юрия Буданова невменяемым. 31 декабря суд направил полковника Буданова на принудительное лечение в психиатрический спецстационар.
28 февраля 2003 года военная коллегия Верховного суда отменила решение Северо-Кавказского окружного суда и направила дело на новое рассмотрение с измененным составом судей. 25 июля полковник признан виновным и приговорен к десяти годам заключения, лишению звания и наград. 6 октября военная коллегия Верховного суда оставила приговор в силе. 29 марта 2004 года в ответ на поданную Юрием Будановым надзорную жалобу приговор подтвердил президиум Верховного суда.
17 мая 2004 года Юрий Буданов подал прошение о помиловании. 19 мая оно было отозвано в связи с неясностью вопроса о гражданстве осужденного Буданова (при распаде СССР он служил в Белоруссии, но от белорусского гражданства отказался, затем был направлен в СибВО, затем в Чечню, а вопрос о гражданстве больше не поднимался). 20 мая министр обороны Сергей Иванов подтвердил российское гражданство Юрия Буданова. Прошение поступило на рассмотрение облкомиссии по помилованию.