18 июня 1996 года Борис Ельцин удовлетворил рапорт об отставке министра обороны РФ Павла Грачева. Причиной ухода стало назначение конфликтовавшего с Павлом Грачевым бывшего командующего 14-й армией Александра Лебедя секретарем Совбеза и помощником президента по нацбезопасности. 25 июня постов лишились замначальника Генштаба Анатолий Богданов, начальник Главного оперативного управления Генштаба Виктор Барынькин, начальник Главного управления воспитательной работы МО Сергей Здориков, начальник Главного организационно-мобилизационного управления Генштаба Вячеслав Жеребцов, руководитель аппарата Минобороны Валерий Лапшов, начальник Главного управления международного военного сотрудничества Генштаба Дмитрий Харченко и замкомандующего сухопутными войсками по вооружению Владимир Шуликов. Уволенные были обвинены Александром Лебедем в попытке организации заговора (ГКЧП-3) с целью "оказания давления" на президента для восстановления в должности Павла Грачева.
31 июля 2000 года Владимир Путин освободил от должности десятерых высокопоставленных чиновников Минобороны РФ, в том числе начальника вооружений Анатолия Ситнова, начальника Главного управления войск химзащиты Станислава Петрова, командующего ПВО сухопутных войск Бориса Духова, начальника Главного ракетно-артиллерийского управления Минобороны Николая Караулова, начальника Центрального управления материальных ресурсов Минобороны Александра Зобнина и руководителя пресс-службы Минобороны Анатолия Шаталова. По официальной версии, причиной стала "плановая ротация" в руководстве Министерства обороны. По данным СМИ, отставки стали следствием конфликта между министром обороны Игорем Сергеевым и начальником Генштаба Анатолием Квашниным — большинство отставников в противостоянии двух военачальников поддерживали министра.1 декабря 2001 года после обнародования предварительных итогов расследования гибели 12 августа 2000 года в Баренцевом море АПЛ Северного флота К-141 "Курск" отправлены в отставку, уволены или понижены в должности 14 высокопоставленных офицеров флота, в том числе уволены были командующий флотом адмирал Вячеслав Попов и начальник штаба флота вице-адмирал Михаил Моцак.