Образовано указом президента 27 сентября 2013 года в рамках реформы Российской академии наук (РАН) и объединения ее с академиями медицинских и сельскохозяйственных наук. Является федеральным органом исполнительной власти, подчиняется непосредственно правительству РФ. Агентству подведомственны бывшие организации РАН, российских академий медицинских и сельскохозяйственных наук (всего 1010 государственных учреждений и унитарных предприятий). Федеральное агентство научных организаций (ФАНО) управляет имуществом и является учредителем всех подчиненных ему научных организаций. Агентство совместно с РАН разрабатывает план проведения научных исследований, проводит оценку эффективности деятельности подведомственных организаций. Также ФАНО вносит в правительство проекты законов и является распорядителем средств федерального бюджета. В центральный аппарат входят 18 управлений и два отдела, также в структуре три территориальных управления — Уральское, Сибирское и Дальневосточное. Запланированные расходы федерального бюджета на 2016 год — 85,29 млрд руб.