В августе 1896 года на Филиппинах, испанской колонии с 1521 года, началась революция. В апреле 1898 года США поддержали филиппинских повстанцев, объявив Испании войну. Революция завершилась в июне провозглашением независимости Филиппин, в августе победой США завершилась война с Испанией. В декабре того же года, согласно Парижскому мирному договору, США купили Филиппины у Испании за $20 млн, не признав независимость республики. В феврале 1899 года началась Филиппино-американская война. Она завершилась в 1902 году победой США, отдельные стычки с партизанами продолжались до 1913 года. По ее итогам Филиппины стали колонией США, погибли от 16 тыс. до 26 тыс. военных и около 200 тыс. мирных жителей.
В 1899 году США захватили филиппинскую базу ВМС Субик-Бей, которой пользовались до 1992 года (с перерывом на 1942–1945 годы, когда базу контролировала Япония). Субик-Бей закрыли после разрушительного тайфуна «Юния» 1991 года. В 1903 году американцы построили на Филиппинах авиабазу Кларк-Филд, которой пользовались до 1991 года. В апреле 2016 года ВВС США вновь разместили на базе свой контингент.
В 1935 году Филиппины добились автономии в рамках США, а в 1946 году получили независимость, тогда же между странами были установлены дипломатические отношения. В 1951 году Филиппины и США заключили военный договор о взаимной защите в случае агрессии третьей стороны.
С января 2002 года США проводят на Филиппинах антитеррористические рейды совместно с местными военными. В рамках операции «Несокрушимая свобода» они противостоят ряду организаций радикальных исламистов и коммунистических повстанцев («Исламскому освободительному фронту моро», «Новой народной армии», «Абу Сайяф» и другим). С 2002 года ликвидировано около 1 тыс. боевиков.
Также США являются одним из крупнейших торговых партнеров Филиппин — товарооборот между странами за 2015 год составил $16,5 млрд (третье место в структуре внешней торговли Филиппин). Для сравнения: товарооборот Филиппин с Японией за тот же период составил $18,7 млрд (первое место), с КНР — $17,7 млрд (второе). Товарооборот Филиппин с РФ в 2015 году — $0,6 млрд.