В июле 1998 года указом президента РФ уголовно-исполнительные функции перешли от Министерства внутренних дел Минюсту, в составе которого было создано Главное управление исполнения наказаний (ГУИН). В марте 2004 года на базе ГУИН создана Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН).
16 октября 2001 года президент Владимир Путин передал МВД функцию миграционного контроля от упраздняемого министерства национальной и миграционной политики. В июле 2004 года на базе паспортно-визовой службы МВД создана самостоятельная Федеральная миграционная служба (ФМС) численностью 37,3 тыс. человек, которая в мае 2012 года перешла из ведения МВД в прямое подчинение правительству РФ.
В ноябре 2001 года Государственная противопожарная служба была передана из МВД в МЧС. 278 тыс. сотрудников ГПС присоединились к 70 тыс. служащих МЧС.
С 1 июля 2003 года президент Владимир Путин ликвидировал Федеральную службу налоговой полиции, передав ее функции МВД. Материальную базу и штат ФСНП в 40 тыс. человек получил самостоятельный Госнаркоконтроль РФ, созданный 11 марта 2003 года на основе Госкомитета по противодействию незаконному обороту наркотических средств и психотропных веществ при МВД. В марте 2004 года он был преобразован в Федеральную службу по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН).