20 декабря 2013 года, в день своего освобождения из колонии, Михаил Ходорковский на частном самолете, предоставленном экс-главой МИД ФРГ Хансом-Дитрихом Геншером, вылетел в Берлин.
22 декабря на большой пресс-конференции в Музее Берлинской стены он заявил, что не планирует заниматься бизнесом и политикой, а также спонсировать российскую оппозицию.
30 декабря экс-глава ЮКОСа получил шенгенскую визу в посольстве Швейцарии. Позже, в марте 2014 года стало известно, что Михаил Ходорковский получил вид на жительство в швейцарском кантоне Санкт-Галлен.
10 января 2014 года он посетил Израиль для встречи с бывшими партнерами по ЮКОСу, в том числе с Леонидом Невзлиным и Владимиром Дубовым.
4 марта Михаил Ходорковский заявил, что готов выступить в качестве миротворца в конфликте на Украине. 9 марта он прибыл в Киев, чтобы прочитать лекцию «Права и свободы» в Киевском политехническом институте и в этот же день выступил на Майдане Незалежности с критикой позиции российских властей.
24–25 апреля по инициативе Михаила Ходорковского в Киеве был созван конгресс общественных деятелей «Украина—Россия: диалог», целью которого было создание дорожной карты по выходу из кризиса. В том же месяце он прибыл в Донбасс для встречи с бизнесменом Ринатом Ахметовым и губернатором Донецкой области Сергеем Тарутой.
20 сентября 2014 года в Париже на фестивале, посвященном 70-летию газеты Le Monde, Михаил Ходорковский заявил, что готов стать президентом России, когда потребуется «провести конституционную реформу, главным в которой является перераспределение президентской власти в пользу суда, парламента и гражданского общества».
В тот же день из Парижа господин Ходорковский участвовал в онлайн-форуме по перезапуску проекта «Открытая Россия», который прекратил существование в 2006 году после ареста счетов. Главной сферой интересов назывались выборы в Госдуму РФ в 2016 году. 16 апреля 2015 года в московском офисе организации прошли обыски.
7 января 2015 года, после нападения на редакцию Charlie Hebdo, Михаил Ходорковский призвал журналистов публиковать карикатуры на пророка Мухаммеда, после чего Рамзан Кадыров назвал его «врагом всех мусульман».
В августе 2015 года совместно с Алексеем Навальным создал благотворительный проект для помощи семьям политзаключенных, в рамках которого им предоставляют финансовую помощь в размере 100 тыс. руб.
7 декабря 2015 года Следственный комитет РФ заочно предъявил Михаилу Ходорковскому обвинение по уголовному делу об убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова.