Образовано указом президента 17 мая 2000 года на основе Министерства сельского хозяйства и продовольствия РФ. Является федеральным органом исполнительной власти, осуществляет выработку госполитики и нормативно-правовое регулирование в сфере земельных отношений и агропромышленного комплекса, включая животноводство, ветеринарию, растениеводство, регулирование рынка сельскохозяйственной продукции, производство и оборот табачной продукции и др. Министерству подведомственны Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор), Федеральное агентство по рыболовству (Росрыболовство), 373 ФГУПа и федеральных государственных бюджетных учреждения, а также 125 отраслевых ОАО. В структуре — 15 департаментов, министерство курирует госпрограмму развития сельского хозяйства на 2013–2020 годы стоимостью 2,13 трлн руб. Бюджетное финансирование на 2015 год — 210,9 млрд руб., на 2016 и 2017 годы запланированы расходы 171,6 млрд и 199,8 млрд руб. соответственно.