В октябре 1994 года президент Борис Ельцин взял под личный контроль расследование убийства журналиста Дмитрия Холодова, погибшего при взрыве бомбы в редакции «Московского комсомольца». В 1998–2000 годах по подозрению в убийстве были задержаны несколько высокопоставленных военных, в том числе бывший начальник разведки ВДВ полковник Павел Поповских, но в 2004 году все они были оправданы судом. Убийство осталось нераскрытым.
1 марта 1995 года Борис Ельцин взял под личный контроль расследование убийства тележурналиста Владислава Листьева, застреленного в подъезде своего дома в Москве. Дело раскрыто не было, 21 апреля 2009 года следствие по нему было приостановлено.
24 ноября 1998 года президент РФ Борис Ельцин взял под личный контроль расследование убийства депутата Госдумы Галины Старовойтовой, совершенного 20 ноября в подъезде ее дома в Санкт-Петербурге. 30 июня 2005 года суд приговорил Юрия Колчина (как организатора) и Виталия Акиншина (как исполнителя) к 20 и 23,5 года колонии. 28 августа 2015 года к 17 годам тюрьмы за организацию убийства был приговорен экс-депутат Госдумы Михаил Глущенко.
14 августа 2000 года Владимир Путин взял под личный контроль расследование причин гибели подлодки «Курск», затонувшей в Баренцевом море 12 августа. Причиной катастрофы признан взрыв торпеды. Уголовное дело прекращено «за отсутствием события преступления».
В октябре 2001 года Владимир Путин взял под личный контроль расследование причин катастрофы самолета Ту-154 авиакомпании «Сибирь», происшедшей 4 октября над Черным морем. Украина отрицала свою причастность, однако российские следователи обнаружили на обломках самолета следы от осколков ракеты украинских ПВО. В 2002 году украинские власти заявили, что готовы выплатить компенсации семьям погибших.
18 октября 2002 года Владимир Путин взял под личный контроль расследование убийства губернатора Магаданской области Валентина Цветкова. В феврале 2011 года четверо соучастников преступления были осуждены на сроки от 13,5 до 19 лет. Заказчики не найдены.
23 октября 2002 года Владимир Путин взял под контроль ситуацию с захватом зрителей мюзикла «Норд-Ост». 26 октября здание ДК на Дубровке было взято штурмом, террористы были уничтожены, погибли 130 заложников. В 2004–2006 годах пятеро чеченцев, подозреваемых в причастности к теракту, получили от 15 до 22 лет колонии строгого режима. В декабре 2014 года в Крыму был задержан еще один обвиняемый, который 12 лет находился в розыске.
15 сентября 2008 года президент Дмитрий Медведев взял под личный контроль расследование обстоятельств крушения Boeing 737 в Перми, случившегося накануне. Погибли 88 человек. В феврале 2009 года комиссия МАК назвала причиной крушения ошибку экипажа.
7 ноября 2008 года президент России Дмитрий Медведев взял под личный контроль расследование теракта во Владикавказе, когда при взрыве маршрутки погибли 12 человек. Организатором теракта был назван лидер бандподполья Доку Умаров.
8 сентября 2011 года Дмитрий Медведев сообщил, что берет под личный контроль расследование причин катастрофы Як-42 под Ярославлем, в которой погиб весь основной состав хоккейного клуба «Локомотив». Единственным обвиняемым стал замгендиректора по организации летной работы авиакомпании «Як Сервис» Вадим Тимофеев, который ожидает приговора суда.
В ночь на 28 февраля 2015 года СМИ сообщили, что президент Владимир Путин взял под личный контроль расследование убийства в Москве политика Бориса Немцова. Позднее пресс-секретарь главы государства Дмитрий Песков опроверг эту информацию, заявив, что Владимир Путин поручил руководителям Следственного комитета, МВД и ФСБ лично контролировать ход расследования.