Создано указом президента РФ 31 марта 2015 года. Является федеральным органом исполнительной власти, подчиняется непосредственно правительству РФ. Занимается выработкой и реализацией государственной национальной политики, осуществляет взаимодействие с национально-культурными автономиями и казачьими обществами, занимается профилактикой дискриминации по признакам расовой, национальной, религиозной или языковой принадлежности и предупреждением попыток разжигания расовой, национальной и религиозной розни, ненависти либо вражды. Соответствующие функции переданы агентству от Минкульта и Минюста. Структура центрального аппарата предусматривает до трех заместителей и до четырех управлений. По данным на 29 июля, в агентстве трудятся 78 человек, штат сформирован на 80%. Расходы на содержание аппарата будут финансироваться за счет перераспределения средств от других органов власти, функции и сотрудники которых передаются агентству (суммы пока не определены).