Органами управления компании являются гендиректор, набсовет и правление — они отвечают за убытки ППК перед профильным министерством. Контроль за ее деятельностью будет осуществлять также Счетная палата. Помимо внешнего контроля, ППК будет иметь службу внутреннего аудита, подотчетную набсовету, в которую не смогут входить лица, уже занимающие должности в компании. Членами наблюдательного совета могут быть в том числе государственные и муниципальные служащие.
Законопроект распространяет на работников ППК ограничения, характерные для сотрудников госкорпораций и госкомпаний: они не могут заниматься предпринимательством, получать вознаграждения от граждан и юрлиц, быть членами органов управления иностранных НКО и обязаны отчитываться о доходах.