В сентябре 1999 года по инициативе тогдашнего министра топлива и энергетики Виктора Калюжного в компании «Транснефть» была учреждена коллегия госпредставителей, которая стала напрямую руководить советом директоров. Господин Калюжный, возглавивший коллегию, получил доверенность на право голосовать госпакетом акций. 13 сентября Виктор Калюжный провел собрание акционеров, на котором президент «Транснефти» Дмитрий Савельев был смещен с поста президента. Последний через суд добился восстановления в должности, доказав незаконность расторжения контракта. На проведенном 13 сентября собрании акционеров президент «Транснефти» Дмитрий Савельев был смещен с поста президента, после чего он через суд добился восстановления в должности. В поддержку господина Савельева выступал глава РАО ЕЭС Анатолий Чубайс, который заявлял, что отставка была проведена с грубейшими нарушениями закона.
В феврале 2000 года Счетная палата в ходе аудиторской проверки выявила, что Минтопэнерго за два года использовало нецелевым образом около $150 млн из выручки российско-вьетнамского СП «Вьетсовпетро». Отмечалось, что свыше $30 млн пошло на нужды центрального аппарата министерства. В самом министерстве нарушения отрицали, о санкциях к чиновникам не сообщалось.
В марте 2000 года депутат Госдумы Сергей Кириенко обвинил Виктора Калюжного в коррупции. Скандал разгорелся из-за распоряжения Минтопэнерго о реэкспорте 1,5 млн тонн казахстанской нефти при посредничестве Восточно-Сибирской торговой компании, в результате которого бюджет страны мог лишиться более $300 млн в год. Через два месяца господин Калюжный покинул пост министра и был назначен спецпредставителем правительства в Каспийском регионе.
В январе 2005 года Виктор Калюжный, который с 2004 года работал послом РФ в Латвии, после осмотра экспозиции музея оккупации Латвии сказал журналистам, что латвийская сторона односторонне отражает историю Латвии в XX веке. Также он порекомендовал Латвии отказаться от употребления слова «оккупация» для обозначения того периода, когда страна входила в состав Советского Союза. В ответ на это латвийские СМИ выступили с резкой критикой в адрес посла.
В ноябре 2006 года между Россией и Латвией разразился «шпротный» скандал — Россельхознадзор запретил экспорт в Россию шпрот двух латвийских производителей, сославшись на превышенное содержание токсичных и канцерогенных веществ в латвийской продукции. Виктор Калюжный активно участвовал в переговорах с Минсельхозом Латвии о возвращении шпрот на российский рынок. В январе 2007 года запрет был отменен.
В январе 2008 года власти Латвии выслали второго секретаря посольства России, вице-консула Александра Рогожкина за «деятельность, не совместимую со статусом дипломата, и угрозу безопасности Латвии». Виктор Калюжный посетовал на отсутствие комментария МИД Латвии и заявил, что в Латвии «чересчур много тайн». В начале февраля того же года господина Калюжного сменил на посту экс-глава ЦИКа Александр Вешняков.