В 2006 году Yukos Capital S.a.r.l., представляющая интересы бывших менеджеров ЮКОСа, инициировала арбитражные процессы против ОАО «Юганскнефтегаз» (впоследствии было присоединено к «Роснефти»), ОАО «Самаранефтегаз» (дочернее предприятие «Роснефти») и ОАО «Томскнефть» (СП «Роснефти» и «Газпром нефти»), обвиняя их в неисполнении обязательств по девяти займам. В 2007 году Международный коммерческий арбитражный суд (МКАС) при ТПП РФ вынес четыре решения в пользу Yukos Capital S.a.r.l. против ОАО «Юганскнефтегаз» в отношении четырех займов в целом на 12,9 млрд руб. Арбитраж, сформированный в соответствии с правилами Международной торговой палаты (МТП), вынес решение против ОАО «Самаранефтегаз» на 3,1 млрд руб. в части суммы основного долга и процентов. Тот же суд вынес решение против «Томскнефти» в целом на 4,35 млрд руб. плюс проценты и судебные издержки.
В 2007 году «Роснефть» оспорила решения МКАС в отношении «Юганскнефтегаза», которые были отменены российским судом, включая Высший арбитражный суд. Но Yukos Capital S.a.r.l. подала иск о признании решений МКАС в Нидерландах. Районный суд Амстердама отказал в этом, но Апелляционный суд Амстердама отменил решение и разрешил Yukos Capital S.a.r.l. привести в исполнение решение МКАС в Нидерландах. 25 июня 2010 года Верховный суд Нидерландов вынес решение о признании не подлежащей рассмотрению жалобы «Роснефти» на решение Апелляционного суда Амстердама. В результате в августе 2010 года «Роснефть» полностью расплатилась по иску, перечислив Yukos Capital S.a.r.l. 12,9 млрд руб.
В ходе судебных процессов в Нидерландах Yukos Capital S.a.r.l. подала дополнительное исковое заявление к «Роснефти» в Высокий суд Лондона о признании и приведении в исполнение решений МКАС в Англии и Уэльсе, а также присуждении процентов на суммы, указанные в этих решениях. После выплат «Роснефти» Yukos Capital S.a.r.l. продолжает требовать в Лондоне уплаты процентов на 4,6 млрд руб. Очередной этап предварительного слушания в Высоком суде Лондона назначен на 13–15 мая 2014 года.
В 2007 году были заявлены иски о ничтожности сделок с Yukos Capital S.a.r.l. по займам в российских арбитражных судах в Москве, Самаре и Томске. Оспорить эти решения компания не смогла. 11 июля 2012 года Арбитражный суд Москвы признал недействительными договоры займа между Yukos Capital S.a.r.l. и ОАО «Юганскнефтегаз». Это решение оспорить также не удалось. 19 июля 2012 года Арбитражный суд Томской области признал ничтожными договоры займа между Yukos Capital S.a.r.l. и «Томскнефтью». Это решение поддержали апелляционная и кассационная инстанции.
Но Yukos Capital S.a.r.l. продолжила попытки взыскать средства с «Самаранефтегаза» и «Томскнефти». 2 июля 2010 года компания подала ходатайство в Федеральный окружной суд США по Южному округу штата Нью-Йорк (далее — Окружной суд США) о признании и приведении в исполнение решения МТП, вынесенного против «Самаранефтегаза». В августе 2010 года компания Yukos Capital S.a.r.l. также начала процесс в Арбитражном суде Самарской области о признании и приведении в исполнение данного решения в России.15 февраля 2011 года Арбитражный суд Самарской области отказал в удовлетворении заявления Yukos Capital S.a.r.l. о признании и приведении в исполнение решения. Кассационную жалобу компания не подавала. Попытки «Самаранефтегаза» оспорить рассмотрение иска Yukos Capital S.a.r.l. в США до сих пор были безуспешными. В октябре 2013 года Окружной суд вынес решение в пользу Yukos Capital S.a.r.l. на $186 млн. «Самаранефтегаз» подал апелляцию, график проведения слушаний еще не установлен.
В феврале 2010 года Yukos Capital S.a.r.l. инициировала разбирательство против «Томскнефти» в Арбитражном суде Томской области с целью приведения в исполнение в России решения МТП, вынесенного в феврале 2007 года. 7 июля 2010 года Арбитражный суд Томской области отклонил ходатайство, оспорить это решение не удалось. В июле 2010 года Yukos Capital S.a.r.l. подала иск к «Томскнефти» в Суд первой инстанции Парижа с целью приведения в исполнение решения МТП, вынесенного в феврале 2007 года, во Франции. 20 июля 2010 года суд вынес постановление в отсутствие другой стороны, разрешающее приведение в исполнение. 22 февраля 2011 года «Томскнефть» подала апелляцию в Апелляционный суд Парижа, по которой было вынесено решение в ее пользу. 15 января 2013 года Апелляционный суд Парижа объявил, что арбитражное решение не может быть приведено в исполнение во Франции. 6 августа 2013 года Yukos Capital S.a.r.l. подала кассационную жалобу во Французский кассационной суд с требованием о пересмотре решения Апелляционного суда Парижа. «Томскнефть» должна была предоставить ответ суду до 6 декабря, дальнейший ход разбирательства неизвестен.
В феврале 2013 года Yukos Capital S.a.r.l. инициировала разбирательства против «Томскнефти» в Ирландии и Сингапуре, добиваясь приведения в исполнение того же решения МТП от февраля 2007 года. 19 февраля 2013 года ходатайство было удовлетворено в Сингапуре. 26 марта 2013 года «Томскнефть» подала ответное письменное заявление в суд. 3 июля 2013 года суд заслушал заявление «Томскнефти» и отложил рассмотрение до тех пор, пока компания не подготовит все необходимые доказательства. График проведения слушаний не установлен.
Yukos International UK b.v. (также подконтрольна бывшему менеджменту ЮКОСа) инициировала против «Роснефти» и ряда других ответчиков разбирательство в Окружном суде Амстердама, требуя возмещения убытков в размере до $333 млн плюс проценты и расходы. Yukos International b.v. заявила об ущербе, якобы причиненном вынесением судом Амстердама в 2008 году приказа об аресте счета в банке, что, как заявляет Yukos International UK b.v., ограничило ее вложения. Слушание по существу назначено на 9 января 2014 года.