25 октября 2012 года сотрудники СКР и МВД в рамках возбужденных дел о мошенничестве провели обыски в подконтрольном Минобороны холдинге «Оборонсервис» и связанных с ним компаниях. Президент Владимир Путин поручил министру Анатолию Сердюкову «обеспечить взаимодействие со следствием». Сам господин Сердюков присутствовал при обыске у своей соседки — экс-главы департамента имущественных отношений министерства Евгении Васильевой.
6 ноября президент Владимир Путин отправил Анатолия Сердюкова в отставку, «чтобы создать условия для объективного расследования». К концу месяца ущерб от хищений СКР оценивался в 6,7 млрд руб.
14 ноября источник «Интерфакса» сообщил, что господин Сердюков назначен советником гендиректора госкорпорации «Ростехнологии». На следующий день в компании эту информацию опровергли.
28 декабря СКР вызвал бывшего министра на допрос в качестве свидетеля. Анатолий Сердюков отказался отвечать на вопросы следствия в отсутствие адвоката Генриха Падвы, который не смог явиться по болезни.
11 января 2013 года господин Сердюков на допросе по делу о благоустройстве базы отдыха «Житное» отказался от дачи устных показаний, воспользовавшись правом не свидетельствовать против себя. Также он представил следователю несколько листов письменных пояснений, в которых изложил свою версию реализации имущества Минобороны.
19 февраля экс-министр вновь побывал на допросе в СКР по делу о передаче участка земли в Анапском районе Краснодарского края под застройку его зятю Валерию Пузикову. Сообщалось, что он отказался свидетельствовать против себя и своих родственников.
23 июля экс-министр был допрошен в качестве свидетеля по делу о продаже части комплекса Таврического дворца в Петербурге. От дачи показаний он вновь отказался, но пояснил следователям, что «не видит в проведении этой сделки никаких нарушений».
2 ноября находящаяся под домашним арестом Евгения Васильева в открытом письме на сайте «Эхо Москвы» заявила: «Я им нужна для того, чтобы опорочить честь и достоинство Сердюкова».
15 ноября адвокат экс-министра Константин Ривкин сообщил, что с 1 ноября Анатолий Сердюков приступил к работе в качестве гендиректора Федерального исследовательского испытательного центра машиностроения, который входит в один из холдингов «Ростехнологий». Предприятие с выручкой 25 млн руб. занимается разработкой и испытаниями тракторов и сельхозтехники.
21 ноября глава Следственного комитета Александр Бастрыкин, комментируя свидетельский статус экс-министра обороны Сердюкова по делу «Оборонсервиса», заявил, что после проведения финансово-экономических экспертиз «будут изменения, которые всех обрадуют».