20 декабря 1991 года Борис Ельцин с официальным визитом посетил Ватикан, где был принят папой римским Иоанном Павлом II. 10 февраля 1998 года Борис Ельцин прибыл в Ватикан во второй раз. Понтифик приветствовал российского лидера на русском языке. Президент подарил издание стихов папы на русском языке. Встреча продолжалась более часа.
5 июня 2000 года Иоанн Павел II принял в ватиканской папской библиотеке Владимира Путина. Основными темами встречи стали проблемы разоружения и международной обстановки и роль Ватикана и России в процессе интеграции между Востоком и Западом. 5 ноября 2003 года прошла вторая встреча Иоанна Павла II и Владимира Путина. Папа приветствовал президента по-русски и выразил надежду на развитие «межконфессионального диалога», в ответ же Владимир Путин пожелал Ватикану успехов в гуманитарной деятельности. Президент подарил понтифику расписную шкатулку, а тот ему — икону «Богоматерь с младенцем» и попросил передать привет патриарху Алексию II. Встреча длилась более 40 минут.
13 марта 2007 года Владимир Путин встретился в Ватикане с новым папой Бенедиктом XVI. Российский лидер подарил ему два экземпляра «Католической энциклопедии» на русском языке и икону Святителя Николая. Встреча проходила на немецком языке и длилась около 40 минут.
3 декабря 2009 года Дмитрий Медведев побывал на аудиенции у Бенедикта XVI. На встрече президент сообщил об установлении дипотношений на уровне посольства РФ в Ватикане и Апостольской нунциатуры в России, стороны по традиции обменялись подарками. Встреча длилась полчаса.
17 февраля 2011 года состоялся первый после установления полноформатных дипломатических отношений официальный визит президента России в Ватикан. Стороны обсудили ситуацию на Ближнем Востоке. Дмитрий Медведев подарил папе двухтомник переписки Бориса Ельцина с главами зарубежных государств и правительств и эмалевую панораму Московского Кремля. Переговоры шли около получаса.