14 декабря 2012 года министерство сельского хозяйства отправило в отставку ректора Чувашской государственной сельскохозяйственной академии (ЧГСХА) Николая Васильева и назначило и.о. ректора бывшего председателя ЦИК Чувашии Людмилу Линик. Господин Васильев работал на посту ректора с 26 апреля 2012 года, в ноябре ЧГСХА была включена в список неэффективных вузов. 20 декабря около 80 студентов и преподавателей ЧГСХА устроили акцию протеста против увольнения ректора. 25 декабря депутаты Госсовета Чувашии выразили неодобрение кадровой политике Минсельхоза.
25 декабря 2012 года на встрече с бастовавшими студентами Российского государственного торгово-экономического университета (РГТЭУ) заместитель министра образования и науки Александр Климов зачитал приказ об увольнении ректора Сергея Бабурина и назначении на эту должность проректора по экономике и инновационной деятельности Российского экономического университета им. Г.В. Плеханова (РЭУ) Андрея Шкляева. Студенческая забастовка была вызвана решением Минобрнауки о присоединении РГТЭУ к РЭУ, принятым после того, как в РГТЭУ были выявлены признаки неэффективности. 18 апреля 2013 года суд отказал Сергею Бабурину в восстановлении на работе. Кроме господина Бабурина, возглавившего РГТЭУ в 2002 году, в результате скандала с формулировкой «за аморальное поведение» был уволен преподаватель истории РГТЭУ Иван Миронов, которому 24 мая также отказали в восстановлении.
11 марта 2013 года министр образования и науки Дмитрий Ливанов уволил находившегося под арестом ректора Государственного университета управления (ГУУ) Виктора Козбаненко, пойманного с поличным при получении взятки размером 7 млн руб. И.о. ректора был назначен Владимир Годин. 21 марта на основе показаний обвиняемого против заместителя министра образования и науки Марата Камболова в офисе министерства были проведены обыски, в ходе которых были изъяты значимые для следствия материалы. Виктор Козбаненко работал ректором ГУУ с 2011 года.
28 мая 2013 года экономист Сергей Гуриев, находясь в отпуске во Франции, подал в отставку с поста ректора Российской экономической школы (РЭШ). 30 мая совет директоров РЭШ принял отставку господина Гуриева, сохранившего профессорскую позицию. И.о. ректора вуза был назначен экономист Станислав Анатольев. Господин Гуриев, возглавлявший вуз с 2004 года, из Франции не вернулся, опасаясь уголовного преследования в России. В 2012 году он участвовал в экспертизе Президентского совета по правам человека по второму делу НК ЮКОС. В докладе эксперты пришли к выводу, что приговор предпринимателям Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву был «ошибочным». Позднее Следственный комитет подтвердил, что Сергея Гуриева допрашивали по второму делу ЮКОСа. После увольнения Сергей Гуриев поучаствовал в создании предвыборной программы кандидата в мэры Москвы Алексея Навального.