Родился 2 февраля 1968 года в Новороссийске. Окончил Военный Краснознаменный институт (1992), Академию госслужбы (2003).
Служил в морской пехоте на Северном флоте. С 1992 года работал менеджером железнодорожных и морских перевозок. В 1993 году создал и до 1999 года возглавлял транспортно-экспедиторскую фирму "Дело" (транспортный агент в Новороссийском порту), в настоящее время представляющую собой группу компаний. Входил в совет директоров Новороссийского морского торгового порта. В 1999, 2003 и 2007 годах избирался в Госдуму, был членом группы "Народный депутат", фракции "Родина", "Единой России", возглавлял комитет по транспорту. В 2003 году баллотировался в мэры Новороссийска, но получил от избиркома отказ в регистрации. В июне 2005 года из-за конфликта между акционерами Новороссийского порта группа "Дело" вышла из его состава, а спустя год продала 19,78% акций порта Инвестсбербанку.
В 2008-2011 годах господин Шишкарев руководил делегацией Федерального собрания РФ в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества. С августа 2012 года — член экспертного совета при правительстве РФ, с декабря входит в состав совета ВПК при правительстве РФ по развитию государственно-частного партнерства. С сентября 2012 года — председатель президиума политсовета партии "Родина", неформальным лидером которой является вице-премьер Дмитрий Рогозин. С февраля 2013 года входит в состав морской коллегии при правительстве РФ.
Доктор юридических наук, тема диссертации — "Правовой порядок в сфере противодействия коррупции: теоретико-правовое исследование". Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени. Женат, две дочери и три сына.