Байкальский ЦБК был введен в эксплуатацию в 1966 году. Еще на стадии строительства ученые и общественные деятели говорили о его вреде для экологии. В итоге в 1987 году ЦК КПСС и Совмин СССР предписали к 1993 году прекратить варку целлюлозы на предприятии.
2 декабря 1992 года правительство РФ приняло постановление о перепрофилировании ЦБК к 1995 году на основе конкурса проектов, который не был проведен из-за отсутствия средств.
В ноябре 1998 года Госкомприроды Иркутской области попытался через суд прекратить "экологически вредную деятельность" комбината. Иск был отклонен.
В марте 2000 года и. о. президента Владимир Путин поручил разработать программу перепрофилирования ЦБК. В июле 2001 года Минприроды утвердило план введения на предприятии замкнутого водопользования, который не был реализован.
4 декабря 2007 года Росприроднадзор через суд потребовал приостановить деятельность ЦБК за работу с истекшей лицензией на водопользование и возместить 3,2 млрд руб. ущерба. В сентябре 2008 года во исполнение требований природоохранных ведомств комбинат перешел на систему замкнутого водооборота. Она сделала предприятие убыточным, так как не позволяла выпускать высокодоходную беленую целлюлозу. В результате 28 октября 2008 года производство было остановлено.
В январе 2010 года премьер Владимир Путин подписал постановление, позволившее возобновить производство. Однако к тому моменту было накоплено 1,7 млрд руб. долгов. По требованию кредиторов на БЦБК была начата процедура банкротства.
31 октября 2012 года был опубликован доклад Минприроды РФ об ухудшении показателей качества воды в Байкале.
В декабре 2012 года БЦБК остановил варку целлюлозы в связи с нехваткой оборотных средств. 28 января 2013 года, после предоставления средств Внешэкономбанком, производство возобновилось. 7 февраля 2013 года предприятие было вновь закрыто из-за происшедшего на нем пожара.