Родился 7 мая 1952 года в городе Хотьково Загорского (ныне Сергиево-Посадского) района Московской области. Имеет два высших образования: техническое и юридическое. Трудился учеником токаря, служил в войсках ПВО. В 1970-х годах провел пять лет в командировке в ГДР. С 1979 года работал в органах МВД, прошел путь от инспектора до начальника УВД Сергиево-Посадского района (с 1993 года). С 1998 года — заместитель начальника ГУВД Московской области. С апреля 2000 года — глава ГИБДД Московской области.
В 2001 году генералу Фадееву были предъявлены обвинения в халатности, приведшей к гибели в Чечне 22 омоновцев из Сергиева Посада. По версии следствия, в марте 2000 года он, возглавляя отряд сотрудников подмосковной милиции, не обеспечил безопасность продвижения их колонны. В результате бойцы попали под огонь свердловских милиционеров. В феврале 2004 года он был признан виновным и приговорен к четырем годам, но освобожден от наказания по амнистии.
В 2004 году уволился из органов в звании генерал-майора. С 2006 по 2010 год работал в администрации Сергиева Посада в должности заместителя, а затем — первого заместителя мэра. В 2008 и 2009 годах мэр Сергей Персианов дважды пытался уволить Бориса Фадеева, но суд восстанавливал его в должности. Одновременно занимался партийной работой на посту главы подмосковного отделения Российской партии пенсионеров (РПП). В декабре 2006 года после создания "Справедливой России" возглавляемое им отделение РПП отказалось войти в новую партию и объединилось с "Патриотами России". В октябре 2009 года баллотировался в мэры Хотьково, но получил отказ в регистрации.
В октябре 2010 года возглавил департамент транспорта и дорожного хозяйства Костромской области, но уже в июне 2011 года покинул пост после критики со стороны губернатора Игоря Слюняева. Затем был советником главы Сергиева Посада по связям с правоохранительными органами.
Награжден медалями "За воинскую доблесть" и "За боевые заслуги".