Выборы в Государственную думу третьего созыва, которые состоялись 19 декабря 1999 года, на федеральном и международном уровнях оспорены не были. В парламент тогда прошли КПРФ, "Единство", "Отечество — Вся Россия", СПС, Блок Жириновского и "Яблоко".
27 сентября 2004 года в Верховный суд была подана жалоба с требованием признать недействительными результаты выборов в Госдуму в декабре 2003 года. Истцами выступили представители КПРФ (получила 12,61% голосов) и партии "Яблоко" (4,3%, не преодолела барьер в 5%), а также семь членов оппозиционного "Комитета-2008". В жалобе они, в частности, указывали на неравный доступ кандидатов к СМИ в ходе предвыборной кампании и фальсификацию протоколов при подсчете голосов. 16 декабря того же года суд отказал заявителям, а 7 февраля 2005 года это решение было оставлено в силе кассационной коллегией Верховного суда. 27 октября 2005 года аналогичный иск был направлен в Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ). 29 мая 2012 года ЕСПЧ по части требований отказал истцам, а по другой части признал жалобу неприемлемой.
25 мая 2008 года КПРФ (получила 11,57% голосов) подала исковое заявление в Верховный суд с требованием отмены итогов думских выборов в декабре 2007 года "из-за многочисленных нарушений избирательного законодательства" в пользу "Единой России". 16 июля того же года суд заявителям отказал, 8 октября это решение подтвердили при рассмотрении кассации.
5 июня 2008 года СПС (получил на выборах 0,96% голосов) подал аналогичный иск в отношении выборов 2007 года, ссылаясь "на незаконные действия правоохранительных органов" в отношении партии и "бездействие ЦИКа", повлиявшее на результаты голосования. Иск был отклонен 3 июля, 11 сентября кассация признала отказ законным.