Борис Хлебников родился в 1972 году в Москве. Учился на биолога, потом поступил на киноведческий факультет во ВГИК. В 2003 году дебютировал фильмом "Коктебель" (совместно с Алексеем Попогребским). Дебют оказался удачным. "Коктебель" получил ряд премий и был отмечен критикой. Следующий фильм Хлебникова "Свободное плавание" был удостоен приза за режиссуру на фестивале "Кинотавр" в Сочи. Вместе с Валерией Гай Германикой работал над документальной картиной "Уехал" о белорусских гастарбайтерах. Стоял у истоков проекта "Кинотеатр.doc". В настоящий момент является креативным продюсером канала ТНТ, преподает в Высшей школе журналистики ГУ-ВШЭ на курсах документального кино и театра и основ продюсирования телевизионных фильмов.