6 сентября 2006 года в Грузии по обвинению в попытке переворота были арестованы 29 оппозиционеров. Власти заявили, что заговор разработан и оплачен спецслужбами России. В августе 2007 года 12 человек получили от 4 до 8,5 лет тюрьмы.
27 сентября 2006 года спецслужбы Грузии задержали четырех российских офицеров по обвинению в создании агентурно-диверсионной сети. В ответ Москва отозвала посла и ввела санкции против Тбилиси. 2 октября Грузия передала задержанных России, объявив их персонами нон грата.
11 июня 2008 года УФСБ Северной Осетии задержало уроженца Южной Осетии гражданина РФ Александра Хачирова, в машине которого нашли шпионскую видеоаппаратуру. По версии спецслужб, работая таксистом, он снимал военные объекты на трассе Цхинвал--Владикавказ. 14 сентября 2009 года шпион получил семь лет колонии строгого режима.
12 августа 2008 года ФСБ доложила о раскрытии агентурной сети, в которую входили сотрудник спецслужб Грузии Заза Херкеладзе и подполковники российской армии Хвича Имерлишвили и Марлен Богданов. 25 марта 2010 года по обвинению в шпионаже и госизмене они получили соответственно 11, 13 и 15 лет колонии.
20 августа 2008 года ФСБ сообщила о задержании на Ставрополье подполковника Михаила Хачидзе. Российский офицер с 2007 года передавал грузинским спецслужбам данные о войсках Северо-Кавказского военного округа. 28 августа 2009 года он был осужден на шесть лет колонии и лишен воинского звания.
5 ноября 2010 года МВД Грузии заявило о задержании 13 человек, в том числе четверых россиян, по подозрению в передаче России секретных сведений о грузинской армии. МИД РФ обвинил Грузию в "хронической шпиономании на антироссийской почве". 7 июля 2011 года девять обвиняемых были приговорены на сроки от 11 до 14 лет лишения свободы.
14 января 2011 года ФСБ сообщила о раскрытии шпионской семьи — старшего лейтенанта одной из частей Южного военного округа Давида Алиева и его матери, подозреваемых в сборе и передаче секретной информации грузинским спецслужбам. Оба заключены под стражу.